Grande distrito cafeeiro do período imperial, São João Marcos surgiu quando João Machado Pereira, vindo de Resende, ali instalou uma fazenda em 1733. Logo em seguida abriu-se uma estrada pela qual pudessem transitar, com segurança, os quintos de ouro com destino ao Rio de Janeiro. Em 1739, o mesmo fazendeiro mandou edificar uma capela dedicada a São João Marcos, elevada à paróquia em 1755 em torno da qual aglomerou-se pequena população. Em 1801, foi inaugurada a igreja Matriz, da mesma invocação na praça da cidade. Foi elevada à categoria de Vila em 1811. São João Marcos tornou-se, como Resende, Valença, Vassouras e Paraíba do Sul, um dos principais centros cafeeiros do Brasil, sendo o maior produtor o comendador Breves, que possuía várias fazendas, cerca de 6.000 escravos e uma enorme quantidade de arrobas de café, armazenadas em trapiches, em Mangaratiba. Com a decadência da cultura cafeeira fluminense, a região foi perdendo a importância e a sua população. O centro histórico da cidade foi tombado como monumento nacional, em 1939, quando São João Marcos já havia passado a distrito de Rio Claro. Raro exemplo intacto de conjunto arquitetônico colonial, no entanto, foi destombado por decreto de Getúlio Vargas, em 1940, para permitir à Light o represamento das águas do ribeirão das Lajes, visando ao aumento da geração de energia elétrica para o Rio de Janeiro. Com a perspectiva de inundação do sítio histórico, os moradores foram obrigados a se dispersar, transferindo-se para localidades vizinhas, principalmente, Lídice, Rio Claro, Mangaratiba, Itaguaí e Pirai, com a promessa de ver reconstruída, em área próxima à igreja Matriz, o que nunca ocorreu. Foram demolidas, além da igreja Matriz, uma capela antiga pertencente à Irmandade Nossa Senhora do Rosário, dois clubes, um teatro e um hospital. Num vale na confluência dos antigos rios Araras e Panelas fica tudo o que restou do antigo núcleo: trechos de caminhos calçados com pedras, vestígios de prédios dinamitados, muros em cantaria, muitos dos quais, encobertos pela vegetação. Condenada a desaparecer sob as águas da represa, grande parte da cidade jamais foi inundada. Construída em 1857, no caminho da antiga Estrada Imperial, a ponte Bela, periodicamente encoberta pelas águas da represa, cercada por vegetação densa, é uma obra de cantaria que se destaca pela sua beleza na paisagem.
Tombamento Provisório: 16.02.1990