Em 1571, os padres jesuítas receberam uma sesmaria na região de Porto das Caixas. Ali se estabelecendo, construíram uma capelinha sob a invocação de Nossa Senhora da Conceição, nas proximidades do rio da Aldeia, afluente do Macacu, por onde escoava a produção do interior para a capital. Uma igreja dedicada à mesma devoção foi inaugurada em 1718, e reconstruída em 1747. Dela restam ainda hoje algumas paredes da nave principal. Entre as imagens, a igreja conserva as de Nossa Senhora da Conceição, a de Nossa Senhora das Dores, a de São Francisco de Assis e de Jesus Crucificado. Essas imagens estiveram por 200 anos no convento de São Boaventura, na extinta Vila de Santo Antonio de Sá. A célebre imagem de Jesus Crucificado foi conduzida em procissão, para a igreja de Nossa Senhora da Conceição, em 1850. Desde 1968, a imagem é tida como milagrosa e passou a ser visitada por uma multidão de peregrinos. A igreja sofreu, apartir de então, diversas reformas e acréscimos em sua área externa para atender a demanda dos fiéis. A atividade comercial de vendas de santinhos e lembranças determinou nova fase da vida cultural do monumento de cunho popular metropolitano. O nome da localidade Porto das Caixas é referência ao porto ali existente, e ao uso de caixas para o transporte de mercadorias. Em 1833, passa a pertencer à Vila de São João de Itaboraí. Um surto de febre amarela determinou o início de sua decadência a partir de 1868. A estrada de ferro substituiu o transporte hidroviário.
Tombamento Provisório: 14.08.2001